事業者が従業員に支給する通勤手当は、通勤に要する交通費の実費弁償という意味合いが強いため、消費税では課税取引とされています。しかし、インボイス制度開始後は、仕入税額控除（納税額から経費にかかる消費税額を控除する）にはインボイスが必要となります。通常、従業員は事業者ではないのでインボイスは発行できません。ということは、通勤手当は免税事業者への支払いと同じ扱いになるのでしょうか？
答えはNO、つまりインボイスは不要で、帳簿に記載していれば従来どおり仕入税額控除が可能です。
国税庁の「消費税の仕入税額控除制度における適格請求書等保存方式に関するQ＆A」の中で、「帳簿のみの保存で仕入税額控除が認められる場合」として、出張旅費や宿泊費、通勤手当だけでなく日当もここに含まれることが明記されています。しかも「通常必要と認められる」ことが条件ですから、たとえ源泉所得税の計算に使用する限度額を超えていても「通常必要」であれば仕入税額控除が可能ということになります。
現実問題として消費税の節税は極めて難しいですが、従業員・役員の出張が多い事業者の場合は、旅費規程などをあらかじめ定めておいて支給することで、多少の節税を図ることが可能です。
